在瓦楞紙箱上進行凸版印刷，往往由于承印面積比較大，一來會對紙箱的瓦楞造成定程度的損傷，影響紙箱的抗壓強度；二來當采用網線版時，質量也難于控制，效果是很不理想的。在瓦楞紙板或紙箱上印刷，目前多采用由凸版印刷演變而成的柔性版印刷。般的凸版印刷僅應用在以單機生產瓦楞紙箱工藝中，供裱紙之前在面紙上印刷文字或商標之用。
常規的柔性版印刷瓦楞紙箱工藝是直接在瓦楞紙板上進行印刷，使用的是水基油墨，我國瓦楞紙板印刷多采用水墨，這是因為：瓦楞紙板的文字圖案簡單，無需很高的光澤；瓦楞紙板的面紙，結構疏松，有較強的吸墨性，采用水性油墨印刷有利于滲透干燥；水性油墨無毒、無味、又不易燃，既不會影響產品質量，又使用方便安全、成本低。
瓦楞紙板彩色柔印的工藝可概括為：圖文設計→圖像處理→制版→印刷→模切→制箱。
隨著柔性版印刷技術的不斷改進，在瓦楞紙板上采用柔印方式也愈來愈多，該印刷方式具有如下優點：
(1)柔性版印刷機結構簡單，成本低，價格僅為膠印機或凹版印刷機的二分之，并易于與其他加工設備聯機作業。般瓦楞紙板面積大，長度可達2～3m，如果采用其他印刷設備，則需要設備龐大、操作維修也困難，而柔性版印刷機結構簡單，還可與其他工序如壓痕、開槽模切、涂膠、制箱等相應機械組合在起進行聯機連續作業。
(2)柔性版的彈性變形，在印刷過程中可以彌補瓦楞紙板的厚薄誤差與表面的不平，使印刷墨色均勻，從而提高了瓦楞紙板的印刷質量和強度。
(3)柔性版印刷采用網紋輥傳墨，便于水性油墨傳遞，并且印版只需輕輕接觸瓦楞紙板，水性油墨幾乎會被全部吸收。
(4)印刷過程中印版裝卸容易、材料損耗少，適合于大批量印刷品的印刷。
(5)瓦楞紙板由于厚薄不勻，在般方法的印刷過程中紙面各處受壓力不致，厚的部分印跡發糊，薄的部分接觸不良印跡空虛不實。而柔性版印刷屬于輕印刷壓力，其壓力小，僅僅是傳統凸版印刷壓力的1/30,即使印版壓縮變形后也能較好地接觸瓦楞紙板。
(6)柔性版不僅可以使用小幅面印刷，而且還可用于卷筒紙大幅面的印刷。
柔性版印刷瓦楞紙箱要注意以下問題：避免滿版印刷；文字要清晰；油墨顏色飽和；考慮實際油墨參數、網點擴大等參數；考慮網點的不同線數、柔印機的幅寬和印刷開槽機，以及不同材料和壓力的影響等等。柔性版直接印刷工藝適用于第類紙箱生產工藝過程，目前在我國的紙箱廠中應用很廣泛。
